Die ersten Ansiedler in und um Aigen am Inn dürften im Mittelalter Fischer gewesen sein, wobei die Herren dieses Landstriches damals die Grafen von Katzenberg auf der heute oberösterreichischen Seite des Inns waren. In diese Zeit fällt auch die Legende vom Gelöbnis des Burgfräuleins von Katzenberg und dem im Inn angeschwemmten Leonhardibildnis, das zur Entstehung der Wallfahrtskirche zum Hl. Leonhard führte und darum herum zu einem schnell wachsenden Dorf. Um das Jahr 1010 erscheint Aigen erstmals in historischen Urkunden, im Jahr 1193 übergab Kaiser Heinrich VI. Aigen mit Irching, Hart und Aufhausen an den Passauer Fürstbischof Wolfger.

Der Bau der ersten steinernen romanischen Kirche soll bereits 1180 begonnen haben und wurde zur Endzeit der Romanik, im Jahr 1250, fertiggestellt. Der Sattelturm, Teile der Ostmauer, die Südseite des Schiffes und der rechteckige vordere Mittelpfeiler im Innenraum bestehen noch heute und wurden in den zweischiffigen, gotischen Neubau des Jahres 1460 eingefügt. Die Wallfahrt in Aigen, die dem Hl. Leonhard geweiht war, nahm in dieser Zeit immer stärkeren Aufschwung. Die Wallfahrer wurden zu einem bedeutenden Wirtschaftsfaktor für Aigen.

Im Jahr 1470 erhob der Passauer Fürstbischof das Fischerdorf Aigen zur Hofmark. Eine rege Bautätigkeit setzte ein, unter anderem wurde ein mächtiger Kastenbau aus Tuffsteinquadern, der Zehentstadel errichtet. Auch der Neubau der Pfarrkirche St. Stephan von 1470 bis 1518 fiel in jene Zeit.

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